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之后，正如狗血剧情那样，实验遭到了一系列失败，最终黑色守望忍痛终结了这个研究。直至2008年，一个名为简泰克公司的黑色守望下属研究机构成立，并且偷偷重启黑光计划，不料却被黑色守望发现，公司的首席研究员，也便是我们29岁的主角‘亚历克斯’连忙带着病毒逃离城市。
当亚历克斯试图从宾夕法尼亚车站逃离的时候，却发现黑色守望的便衣特工早就埋伏在这里，绝望和愤怒充斥了他的大脑，临死前他当场摔碎了病毒试管！
因此，致命病毒四散传播，引发了一场日后蔓延全球的灾难……
可是，谁都没有想到，高浓度的病毒重建了亚历克斯的尸体，他的身体生物量成了病毒繁殖的温床。最终，一个失去一切记忆，完全由病毒代替的新生命从亚历克斯的身体上诞生了！
只是，此时的他虽然依旧保有人类的外形，可是他却绝非亚历克斯，而是一个完全由病毒组成的怪物……
这便是《虐杀原型》的剧情，讲述主角亚历克斯成为‘原型体’之后，失去一切记忆，他用各种超能力找回自己过去的同时，和‘黑色守望’战斗到底的故事。
最终，他成功击溃了黑色守望军团，并将准备摧毁整个曼哈顿的核弹丢进了大西洋，城里的病毒也因为他的控制彻底消失——这简直是一种讽刺，人类要毁灭自己的同类，最终却被病毒所拯救。
之后，动视公司还出了第二部，亚历克斯在阻止核爆后，开始环游世界去寻找自己的身份和位置。
“如果我仍然是个人类……哪里才是我现在的栖身之所？我该如何回归人类？”
可是，不幸的是，亚历克斯在这场旅途中，却只看到了人类的丑恶而不是保护人类的理由，最终他又开启了第二次大感染，自己重新成为病毒的主宰，控制着病毒形成的各种生物源源不断的进攻人类，而另一个名叫詹姆斯的黑人则渐渐崛起，成为了第二部的主角，也成为了亚历克斯的头号大敌。
“当我从海外的战场返回来的时候，我发现我已经失去了……所有。”
“我一路厮杀，达到最终的地带，并且杀死了数以百计的感染者。”
“但是，其实我是一心求死的。不过，某人似乎有着别的计划。”
“于是，我懂得了一条真理：”
“为了杀死一个怪物，你必须首先变成一个怪物！”
“我是詹姆斯中士，并且我会摧毁亚历克斯！”
这段悲壮却又坚毅的话语成为了第二部的核心思想，贯彻到最终，詹姆斯击败了亚历克斯，并将其吸收吞噬。
在张恒看来，第二部的剧情完全就是一个败笔，原本亚历克斯这个不逊于蜘蛛侠、超人潜力的超级英雄角色，却因为动视自己作死将其葬送，而新生代黑人主角詹姆斯无论是形象还是性格都不讨喜，无非是拍刚连任的美国总统的马屁罢了。
不过，疑点也彻底出现，在第二部剧情的最后，詹姆斯吞噬了亚历克斯成为新一代病毒原型体，他销毁了曼哈顿岛屿上的所有病毒，彻底瓦解了全人类的危机，这的确是一个结局圆满的故事，可是……
之后到底发生了什么，人类文明为何依旧没逃过毁灭的结局？
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